Turun Yliopistosäätiön sijoitusomaisuus muodostaa yhtenäisen kokonaisuuden, josta kullekin säätiön hallinnoimalle rahastolle kuuluu osa. Tilinpäätöksen yhteydessä tuottojäämä jaetaan osuuksien suhteessa. Sijoitusomaisuus on jaettu omaisuusluokkiin, joita ovat. Kotimaiset osakkeet, Eurooppalaiset osakkeet, Pohjois-Amerikan osakkeet, Aasian osakkeet, muut riskisijoitukset, pysyvät kiinteistöt, vaihtuvat kiinteistöt, joukkovelkakirjat ja pääomaturvatut sijoitukset, rahamarkkinasijoitukset. Säätiön omaisuuden hoidosta vastaa säätiön hallitus. Yksittäiset sijoituspäätökset tekee tai valmistelee hallitukselle sijoitustoimikunta.

Jaettavien apurahojen määrä on sidoksissa sijoitusomaisuuden arvonkehitykseen. Määrä lasketaan tiettynä osuutena kymmenen vuoden sijoitusomaisuuden arvon keskiarvosta. Vuosittainen jakomäärä nykyisellä omaisuuden määrällä on noin 1 miljoonaa euroa. Jaettava määrä katetaan edellisen vuoden tuottojäämästä ja myyntivoitoista tai rahastojen pääomista.

Apurahoja jaetaan sekä yleisrahastosta että nimikkorahastoista. Yleisrahastosta voidaan jakaa apu- ja määrärahoja kaikkiin säätiön tarkoituksen mukaisiin kohteisiin. Nimikkorahastoissa kohde on määritelty tarkemmin.