Turun Yliopistosäätiön valtuuskunta koostuu sääntöjen mukaan Turun yliopiston edustajista, Turun Suomalaisen Yliopistoseuran edustajasta, Turun kaupungin edustajista sekä julkisen ja talouselämän asiantuntemusta edustavista jäsenistä. Säätiön valtuuskuntaan kuuluvat:

Turun yliopisto
Professori Risto Hiltunen
Professori Harri Lönnberg
Professori Ari Saarnilehto
Professori Sirpa Jalkanen

Turun Suomalainen Yliopistoseura
Valtiotieteiden maisteri Juhani Heimonen

Turun kaupunki
Kaupunginhallituksen puheenjohtaja Minna Arve
Varatuomari Jukka Mikkola, puheenjohtaja

Julkisen ja talouselämän asiantuntemusta edustavat jäsenet
Toimitusjohtaja Anders Blom
Tohtori h.c. Benito Casagrande
Fil. lis. Christer Hummelstedt
Poliisipäällikkö Tapio Huttunen
Varatoimitusjohtaja Ari Kaperi
Toimitusjohtaja Keijo Ketonen
Kaupunginjohtaja Aino-Maija Luukkonen
Kaupunginjohtaja Arno Miettinen
Vuorineuvos Simo Palokangas
Vuorineuvos Timo Peltola
Toimitusjohtaja Mikko Pukkinen
Toimitusjohtaja Rauno Puolimatka
Ylijohtaja Rauno Saari
Vuorineuvos Maarit Toivanen-Koivisto
Professori Jarmo Virmavirta
Toimitusjohtaja Matti Vuoria
Johtaja Eero Vuorio